MES系统应用环境的复杂性决定了MES系统是一个极为复杂的信息管理系统，但是MES系统软件确实为企业的管理带来了便利。同时我们也应该看到，MES系统在实施过程中还面临着种种挑战。我们从三个方面来说明这个问题：
第一，从MES应用环境的定位来说，MES系统需要与上下层信息系统进行及时的信息交互与沟通，同时，MES系统与其他系统存在业务的交叉重叠，从而使得MES应用环境复杂化，所以，MES系统实施面临的第一大挑战是：准确定位MES系统实施的业务范围。
第二，MES应用环境之所以复杂，是因为MES系统需要实现覆盖整个工厂车间的信息化管理，所包含的内容极为繁杂，需要覆盖生产、质量、物流、计划、设备等多个领域或部门，并试实现各部门及其管理人员的及时通信与与协同配合，这也是MES系统实施面临的挑战之一。
第三，从MES系统的集成角度来说，由于MES系统集成环境的复杂性，MES系统实施面临的挑战还存在于如何从技术上实现MES系统与上下层ERP系统、自动化控制系统的无缝集成，从而正实现MES的中间桥梁作用，实现车间透明化管理!