MES的应用需要以详细、深入的企业生产制造信息化需求调研为基础，只有在充分考虑企业实际情况和具体需求时，制造业企业才能得到最佳的MES系统信息化建设方案，MES的应用才能够发挥最大的价值。
通常情况下，MES的应用可以改善企业的生产方式，主要可以分为按定单生产、按库存生产或上述两者的组合。从生产类型上考虑，则可以分为批量生产和单件小批生产。从产品类型和生产工艺组织方式上，企业的行业类型可分为流程生产行业和离散制造行业。
MES系统可以使用与离散型、流程性、以及混合型制造业企业的信息化建设，MES的应用典型的流程生产行业有医药、石油化工、电力、钢铁制造、能源、水泥等领域。这些企业，主要采用按库存、批量、连续的生产方式。典型的离散制造行业主要包括机械制造、电子电器、航空制造、汽车制造等行业。这些企业，则既有按定单生产，也有按库存生产；既有批量生产，也有单件小批生产。
无论从功能模型还是信息模型以及相关技术上，MES的应用都覆盖了流程生产行业和离散制造行业。但是，无论从工艺流程还是生产组织方式方面，流程生产行业和离散制造行业都存在较大的差别。所以，在MES系统实施上，要根据行业特征区别对待。
也就是说，MES的应用存在明显的行业的差异性流程生产行业，主要是通过对原材料进行混合、分离、粉碎、加热等物理或化学方法，使原材料增值。通常，他们以批量或连续的方式进行生产。而离散工业主要是通过对原材料物理形状的改变、组装，成为产品，使其增值。在MES需求、应用环境等诸多方面，两者都有较大的差异。
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