由于B/S和C/S架构CRM系统区别十分明显，那么在具体的企业管理应用当中，那么存在B/S和C/S架构CRM系统应用区别也是必然的。下面将就B/S和C/S架构CRM系统应用区别进行简要分析。
1.投入成本
B/S架构CRM系统一般只有初期一次性投入成本。对于集团来讲，有利于软件项目控制和避免IT黑洞，而C/S架构CRM系统则不同，随着应用范围的扩大，投资会连绵不绝。
2.硬件投资保护
在对已有硬件投资的保护方面，两种结构也是完全不同的。当应用范围扩大，系统负载上升时，C/S架构CRM系统的一般解决方案是购买更高级的中央服务器，原服务器放弃不用，这是由于C/S软件架构CRM系统的两层结构造成的，这类软件的服务器程序必须部署在一台计算机上；而类似于乾元坤和B/S架构CRM系统不同，随着服务器负载的增加，可以平滑地增加服务器的个数并建立集群服务器系统，然后在各个服务器之间做负载均衡。有效地保护了原有硬件投资。
3.企业快速扩张支持能力
对于成长中的企业，快速扩张是它的显著特点。例如迪信通公司，每年都有新的配送中心成立，每月都有新的门店开张。CRM系统的快速部署，是企业快速扩张的必要保障。对于C/S架构CRM系统来讲，由于必须同时安装服务器和客户端、建设机房、招聘专业管理人员等，所以无法适应企业快速扩张的特点。而B/S架构CRM系统，只需一次安装，以后只需设立账号、培训即可。
其次，随着软件应用的扩张，对CRM系统维护人才的需求有可能成为企业快速扩张的制约瓶颈。如果企业开店上百家，对计算机专业人才的需求就将是企业面临的巨大挑战之一。
抛开人力成本不说，一个企业要招到这么多的CRM系统人才并且留住他们也是不可能的。所以，采用C/S架构CRM系统必然会制约企业未来的发展。另外，大多数C/S架构CRM系统都是通过ODBC直接连到数据库的，安全性差不说，其用户数也是受限的。每个连到数据库的用户都会保持一个ODBC连接，都会一直占用中央服务器的资源，对中央服务器的要求非常高，使得用户扩充受到极大的限制。
B/S和C/S架构CRM系统优缺点都存在，然后市场上CRM供应商之间将不断进行优化，以获得更有利的竞争优势，CRM系统才会发展得更快更好。
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