MES系统在生产过程中处在核心地位，一方面从上层获得计划信息，并在系统中进行识别和分解，然后对信息进行传递，另一方面在底层控制器获得反馈后，会将采集到的数据和设备状态存储到系统中，经过后台的分析与处理再传回计划层。
MES系统缺陷
MES系统大致可以分两种：传统的MES系统(T-MES)和可集成MES系统(I-MES)，传统MES系统会突出较强的行业专用特征，很多需要进行定制开发；而后者则相对较模块化、可重构、可扩展等特性。
现有的MES系统一般在以下几个功能模块中存在不足：
(1)生产调度管理模块。MES系统的生产调度是一种典型的推式生产调度，但由于生产中存在不确定性，实际生产情况往往与计划是有差别的，因而这种调度方式会造成大量的在制品积压，以及某些工序的待料停工。
(2)人力资源管理模块。MES系统中将人看作设备的延伸，操作者只能够被动地接受系统的命令，而无法主动地与系统进行沟通，因而限制了工人主观能动性的发挥。另外，这样还会使操作人员丧失积极性。
(3)工序级生产计划模块。MES系统把从上层ERP系统获得的车间级生产计划分解为工序级详细生产序列计划，安排到各个工作地。但是生产条件和工人水平往往存在较大的差异，而这些差异会造成生产的波动，使得实际生产情况很难与计划相吻合。因而需要对此模块进一步地细化。
(4)资源分配和状态管理模块。MES系统中，实现了对资源状态及分配信息进行管理，并对机床、辅助工具、物料、劳动者等其他生产能力实体进行统一管理，对开始进行加工时必须具备的文档和资源详细历史数据进行汇总，不但满足生产计划的要求，还可以对资源所作的预留和调度。而这些的前提是MES系统对资源的配置是合理、有效的，因而需要采用相应的方法予以辅助。
(5)生产过程管理模块。MES系统可以采用各种仪器和设备可以从生产现场采集实时生产信息，并实现对生产过程的监控，达到自动修正生产中错误的效果。然而这种靠仪器进行的监控仅仅是一种被动的监控——等待着错误发生，然后捕捉错误，再采取措施进行补救。对生产过程的控制必须变被动为主动，防患于未然。
了解更多，请点击乾元坤和MES系统。