MES制造执行系统旨在提高企业的制造执行能力，为企业创造效益要实现这一目标，应该注意准确及时信息、规范业务、工具运用和管理创新等几方面的问题。
1、准确及时信息
业务重组也好，组织结构扁平化也罢，其前提是做到信息的上通下达，前呼后应。而且这里的信息应该是准确、实时、一致的数据自动转化而来的，MES在企业信息化中承上启下的地位非常重要自动化水平高的企业可以从过程控制计算机数据库中读取;没有过程控制计算机的，至少应建立实时数据库，直接读取控制设备数据，根据生产管理流程对数据加以组织、处理转为企业管理所需的信息。
2、规范业务
基本事务处理功能是企业持续稳定提高企业管理水平的开始，企业通过对这些基本功能的梳理和规范化。可以规范业务流程及员工业务行为，大大改善企业的业务盲动性和随机性，打下很坚实的管理根基，加速业务处理和提高业务能力。
3、工具运用
MES决策过程和决策方法有一定规律可循，但又不能完全确定，即有所了解但不全面、有所分析但不确切、有所估计但不确定。解决这种问题，可充分利用统计学、运筹学和管理学的知识与MES信息技术结合，为决策提供有章可循的方法和有效的工具这些方法和工具融入MES中，会大大提高管理者决策效率和效益以质量管理功能为例，质量检验有统计抽样检验法;质量控制有SQC法、6Sigma法;质量分析和质量改进有老七种工具：排列图(Pareto Diagram)、因果分析图(鱼刺图)、直方图、检查表、分层图、散步图(并结合相关分析和回归分析)和控制图新七种工具：关联图法、亲缘图法(Ai}inity Diagrams，又称KJ法)、系统图法、矩阵图法、矩阵数据分析法、决策过程计划图法和箭头图法。
4、管理创新
信息化是起点，目的是提高管理水平，创造效益，只有伴随着管理模式和方法的不断进步，才能充分发挥MES的作用。以成本管理和控制为例，MES成本管理控制系统与一般财务管理或成本会计意义下的成本管理控制不完全相同，强调实时动态和可控性，着眼于企业持续改进和成本不断降低因此，应该摒弃传统成本计算方法，以“产品”为中心转移到以“作业”为中心上来，采用以作业为荃础的成本计算法，通过对所有作业跟踪进行动态反映，通过多成本的确认、计算，为尽可能地消除非增值性作业、改进增值作业及时提供有用信息，减少不必要的损失和浪费。
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