不论是自行开发适应企业需要的软件系统，还是采用成形的套装软件，企业都必须注意以下几个问题：
第一，要重视MES系统项目的实施。目前大部分国有企业使用的所谓MES或SFCS系统，都是解决实际工厂制造执行系统部分映像功能的软件而已，还不是标准意义的MES系统软件。应该说MES系统的入门门槛是比较高的，所以企业需要把MES系统当成一个项目认真谨慎地来做，根据企业的实际情况做到工作流程标准化，科学化，以避免国内企业在管理认知与态度方面的偏差所导致的误区。
第二，要做好MES和ERP的衔接工作。这主要是由于我国绝大多数制造业做管理信息化的IT企业和做MES的工控企业并不合作，很多ERP厂商都已经明白这样一个道理，不留接口，就管不着生产线，也就意味着ERP在生产方面永远是粗放管理。因此，ERP厂商需要留出一定的接口，为MES的数据上传做准备，MES厂商则负责将数据上传，并按照ERP留出的接口进行数据的整合和管理。
第三，要注重流程生产行业的特点。目前市场上的大多数MRPII/ERP系统是从离散制造业发展过来的，对离散制造业比较适合。在自行开发或采用套装软件的时候，要注意流程企业的一些特点，例如在生产计划方式方面主要是市场预测为主，在成本核算方面主要采用平行结转法，在作业计划调度方面仅以整个流水生产线为单元进行调度等。
第四，要注意相同模块的不同侧重点。在企业即将实施的管理系统中可能有一些功能模块在MES系统中已经有了，例如MES、ERP中都有人力资源管理模块；MES和PDM都具有文档控制功能；MES和SCM中都有调度管理等等。出现了这种功能重叠的关系该怎么办？实际上，各个系统同一类模块的侧重点是不同的。如人力资源管理这一模块，MES系统主要记录的是工人工作的情况，而ERP中的人力资源模块则侧重每个员工各项信息的管理，包括个人信息、薪资待遇等等。
第五，要强调系统的整合性，避免信息化孤岛。从AMR三层企业集成模型来看，计划层系统需要与MES系统紧密衔接起来，才能发挥其巨大作用。脱离了MES的计划层系统，就脱离了底层数据的支撑，其产生的结果也是不可靠的。要保证MES系统与计划层系统采用的是统一、规范的数据格式和存取方式，不仅要让MES为计划层系统提供数据来源，还要让计划层的计划来控制MES系统。例如，ERP的计划数据是MES进行生产调度的依据；SCM通过外来物料的采购和供应时间控制着生产计划的制定和某些零件在工厂中的生产活动时间；CRM的采购订单中的具体客户要求是指导工厂生产的重要依据；PDM则为MES提供实际生产的工艺文件和各种配方及操作参数。
总之，MES制造执行系统对于制造业管理信息化有着重要的意义，制造执行系统（MES）软件填补了企业计划层和生产车间过程控制系统之间的间隔，是制造过程信息集成的纽带。MES通过强调制造过程的整体优化来帮助企业实施完整的闭环生产，同时也为敏捷制造企业的实施提供了良好的基础。以往的MES系统通常是一个很大的整体软件系统，其定制和维护的成本很高。随着计算机支撑技术的发展，开发更加模块化、更具柔性的MES系统成为可能，实施和维护MES的成本大大降低。所以，MES作为流程CIMS的核心，在石油、化工、制药及制浆造纸等流程工业的综合自动化进程中有着广阔的应用前景。