SaaS CRM系统很难与企业现有的软件架构集成，这一SaaS CRM系统应用难点，与企业的信息化建设、消除信息孤岛以及社会化的信息化方向背道而驰。需要各SaaS模式开发上，在集成技术上加以突破。除此之外，在CRM系统的应用上，SaaS模式还存在其他难点。
CRM系统语音技术难于与SaaS应用实现集成。
现在的CRM软件功能越来越强大。而功能的强大也就意味着对网络性能的要求越来越高。比如现在不少的CRM系统。如乾元坤和CRM系统已经集成了语音呼叫功能，当客户打电话过来的时候，能够自动根据客户的电话号码进行转接，转接到对口的业务员那边，以减少客户的等待时间，提高客户的满意度。传统的本地CRM系统很容易就能实现这一功能。但是将CRM系统服务器部署在网络上的SaaS CRM系统，就很难实现与语音技术的集成了。
市场上存在的很多这种情况很鲜明展示了这一点，如一家企业决定实施CRM系统。刚开始在项目选型的时候，企业不少领导倾向于采用SaaS模式CRM软件。因为这以租代售，企业不用一次性支付大笔的项目费用。而且即使以后这个软件不适合企业不用了，其损失也不会很大。不过企业提出了一个比较苛刻的要求，就是要在CRM系统中实现语音呼叫与语音留言功能。当企业提出了这个功能之后，不少SaaS服务供应商就打起了退堂鼓，他们无法实现。最后仅剩几家SaaS CRM供应商他们也转换了自己的策略，开始推荐起他们传统的B/S模式或者C/S模式的CRM系统。他们的理由很简单，现在的SaaS CRM系统由于种种限制很难支持这些语音方面的需求。如果企业要实现这个需求的话，不得不采用传统CRM系统。不过他们也提出了一个想法，对于这些传统的软件，他们可以按ASP模式(SaaS模式的前身)向企业提供CRM系统服务，但这已经不是SaaS模式了。
可见，由于SaaS模式本身的技术限制，将服务器部署在网络上，让多个客户共享服务器。这使得CRM系统的一些高级应用，如语音技术很难与SaaS CRM软件的应用集成。所以，这就将那些对语音技术有要求的客户排除在门外了。到目前为止，CRM系统仍然无法与SaaS模式紧密结合。
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