目前B2B电子商务的发展，在客户体验和企业对B2B电子商务网站的运营上都存在着一定的缺陷，阻碍了B2B网站的发展，具体需要解决的问题包含：
B2B电子商务网站存在的问题
(一)消费者体验方面1. B2B网站在线购物的体验感不强目前B2B电子商务网站对于购物的环境、商品的个性等方面的塑造或不够全面、有效，其真实性也难以保证。而且网民在消费心理上，对传统的购物习惯还有很强的依赖性，B2B不能满足已经习惯于体验式购物的消费者的要求。
2. 无法保证产品质量对虚拟商店不信任，交互界面技术性太强、无法保证商品质量、无法保证支付及信息的安全性等因素制约着消费者的购买决心，此外B2B电子商务网站上商品的价格也缺乏灵活机制。
3. 横向对比商品性价比要求无法满足在市场竞争机制下，各个B2B电子商务网站不愿形成商业联盟，实行独立的定价机制，造成了B2B市场上的“商场孤岛”情况。客户进行网购，要面对庞大的产品信息数据，想快速定位性价比较高的商品实属不易。
4. B2B电子商务网站互动功能重复单一B2B电子商务网站的服务功能、互动方式相似，服务功能设计开发上缺少新意，互动方式上缺乏满足个性化需求的创新方式。
5. 不能满足消费者的个人社交动机B2B平台的网购不能满足消费者的个人社交动机。家庭主妇或朋友间仍然会希望通过结伴购物来保持与左邻右里的关系或友情。同时，B2B网站上无法使消费者因购物而受到注意和尊重。
(二)企业与社会方面1. 企业对B2B电子商务的认识不够目前，传统企业在业务开拓的方式上，对于互联网的利用仍然不够充分、积极。国外在线商店传统零售占三分之二，而中国正好相反，从事B2B电子商务的购物网站中，近三分之一有传统零售业务，三分之二为纯粹的网上商店。这一情况导致纯粹的B2B电子商务网站与传统零售商相比在商品价格上毫无竞争优势。
2. 资金周转困难消费者普遍希望网上商店的商品越丰富越好，为了满足消费者的需要，B2B电子商务企业需要大量的资金充实货源。大多数B2B电子商务企业都是由风险投资支撑起来的，把B2B电子商务平台运营环境建立起来后，账户上的钱已所剩无几了。这是整个电子商务行业经营艰难的主要原因。
3. 对传统业务方式改进不充分由于传统业务方式仍能为企业带来巨大的经济效益，占主导地位，其业务流程环节保留到了B2B电子商务中，无法通过实施新技术得到改进，消费者愿意亲手触摸、仔细检查的产品就很难通过电子商务来销售。
4. 定位不准企业把B2B电子商务网站当成一个网上超市来搭建，商品多而全，却没有完善的物流配送体系来支撑，商品的定位不准使电商发展受到严重制约。
5. 在线支付体系不建全银行未全面参与到网上结算之中，导致成熟安全的协议产品和规范的缺失，多数代替银行职能的第三方支付平台用于可直接支配交易款项，越权调用交易资金的风险始终存在。
6. 物流配送体系不完善中国邮政一股独大，民营快递业受诸多政策因素制约。许多B2B网站需要投入大量的资金和人力，搭建自己的物流配送系统，给B2B电子商务企业造成巨大压力。
7. 电子商务立法不健全，信用机制不完善B2B平台运营商为追求利益而发布虚假信息、扣押来往款项、泄漏用户资料，甚至无故取消买家订单，在商品上以次充好等方法来降低成本风险。