如今MES系统的应用领域主要集中在了汽车、电子和机械装备这三个行业。从已应用了MES系统的企业来看，其功能模块主要集中在数据采集、过程管理、追溯和质量管理。从效果上来就看，MES系统的应用效果多表现在物料的追踪和追溯、生产过程的可视化、生产控制的闭环管理以及产品质量的提升。而对于还没有应用MES系统的企业来说，企业所关注的重点也主要集中在了生产过程的控制、物料的及时反馈、产品追踪和质量控制。
通过对各个行业在实践过程中出现的问题的调查，企业在MES系统的应用过程中所出现的一些共性问题表现在以下几个方面：
1、对企业生产流程中的需求不清
由于对MES系统的理解有限，导致对于MES的需求难以准确把握，或需求含糊。
2、对MES系统的寄予的希望过高
MES系统是万灵药，能解决之前其他系统实施时遗留的难题，如信息及时反馈、质量管理、高级计划排程等，但理想与现实存在较大差距。
3、功能上的边界不清
MES系统在功能上与其他信息系统在功能上有一些重叠，如何界定不同系统之间的边界?MES又该如何与下、上层系统之间集成?
4、个性淹没
生产模式的个性决定了，MES系统需求出呈现很强的行业特点。如何在不失先进性的同时有效把握自身的个性化需求?
5、对MES系统的准备不足
MES系统是需要大量的基础数据来支撑的，而且很多数据是需要从前期的信息系统中获得，由于准备不足，随着MES实施的深入，相关问题集中爆发。
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