MES系统是一套面向制造企业车间执行层的生产信息化管理系统，它通过对整个企业生产过程中实时、准确的数据来调整生产。企业可以及时了解到从指定生产计划到管理最终产品的各个环节的数据，从而有利于企业指定合理的生产计划，减少生产资料的浪费、提高产品质量、减少库存，从整体上提高企业的生产效益。
如今中国在MES系统的应用市场处在起步阶段，在冶金、石油、烟草等领域的应用还是比较广。医药企业现在处在一个探索阶段，但是mes系统在医药行业的应用使得企业的效益有了很大提高。如今已经有了很多适合医药行业特点的MES产品，随着实践的不断深入，mes系统在医药行业的应用将会不断完善。
一般的MES功能通常被归纳到一组相关的功能集,这些功能互相配合，提供了几乎适用于管理各个类型企业的信息平台。企业管理人员、质量管理人员、后勤维护人员、文档和调度管理人员都可以在MES中找到他们适用的工具。针对医药行业特点，MES的典型功能主要体现在以下几个方面：
(1)生产资源的合理配置
提供资源详尽的既往使用记录，在生产中可供使用资源的实时状态信息,保证资源处在最佳状态。这些资源包括设备、工具、人员(要求具备特殊技能的人员)、原材料和生产产品信息文档。信息必须是具备可维护和可利用性能，必须具备忠实的有效性。以保证生产资源的高效利用。
(2)生产计划的制定
根据优先级、特性、资源限制和流程间的依赖关系安排生产，优化生产流程并最大限度地减少重复劳动。按照操作的可替代性、并行性和重叠性，计算出详细精确的时间表、设备利用表。
MES层通过对生产设备和人力资源等生产要素的分配来控制生产流程。包括批量控制系统的启动、生产顺序的发布，以及生产运行启动指令。
(3)生产文件归档控制
包括SOP(标准操作程序)、生产指令、配方、控制系统程序、工艺流程图表、批量生产记录、 生产报警信息记录，以及除生产报表以外的其他一些生产文档资料。
(4)生产员工的管理
根据劳动技能、工作方式，制定在各个批次生产中操作人员的使用。这些信息资料通常被保存在人力资源系统，但对于更加详细的数据信息资料通常都不会在人力资源系统中得到，在这种情况下，人力资源管理能够被充分考虑到并同时作为MES功能的一部分。
(5)产品质量的实施把控
产品质量的检验可以在线或者离线进行。在线实时采集质量信息，可以保证严格的产品质量，也能及时发现问题所在，并能够妥善解决所存在的质量问题;同时也支持产品质量的离线分析，最典型的是在实验室完成产品质量的分析。对从生产中采集的数据进行实时分析，以确保适当的产品质量控制，能够迅速发现需要引起注意的问题，并提供相应的解决方案。产品质量的管理是最重要的MES功能之一。
(6)批数据采集
生产数据信息采集功能所关心的是历史数据、事件数据、操作员的输入数据信息、操作员的操作记录，以及在产品生产过程中所产生的任何信息资料。并包括相关流程、原材料和人员、设备以及产品质量信息。
(7)产品批数据追踪
MES层不但关心生产计划编制，而且还跟踪实际生产和计划的执行情况, 这主要包括监控生产设备、原材料和人员在生产中的使用，用以建立相关产品的历史信息。可提供的状态信息包括该产品生产人、原料及供货商、批号、序列号、当前产品状况、以及相关的报警、返工、其他非正常生产信息和相应采取的改进措施。这个在线追踪功能产生的历史记录。用以追踪相关半成品和最终产品的相关信息。
随着医药行业MES系统的不断完善，MES系统在医药行业的应用也会更加普遍。从整个医药行业的大市场来看，MES系统将会为企业的生产水平带来质的飞跃，其应用前景将十分广阔。