在制造执行系统运行过程中，仍然需要持续的维护和信息反馈，保持制造执行系统的应用水平，充分发挥制造执行系统的功效，达到运行管理的目标。影响制造执行系统运行效果的因素有数据、技术和人员，MES系统运行管理应从这三方面入手。
(1)数据是制造执行系统进行信息处理的原料，数据是否准确、及时直接关系到制造执行系统的输出结果，原始数据不准确必然会产生错误的信息，因此必须建立明确的责 任制度，数据操作的各个环节都必须要有专人负责，否则数据的准确性就没有保障。如：企业可以编写制造执行系统的操作规程，规范制造执行系统的操作;建立对车间 现场采集数据完整性的考核制度，保证数据的准确、及时。
(2)技术是指计算机技术。随着时间的推移，企业可能引进新的生产线、改进生产工艺，这就对原有系统构成了新的挑战，需要对制造执行系统进行维护，使制造执行系统 适应新情况，因此做好MES系统的维护工作是企业保证制造执行系统应用水平的必要条件。系统维护的目的是保证制造执行系统正常稳定地运行，维护的重点是系统应用软 件。MES直接影响到企业的生产，因此在进行某项维护修改前须考虑到对生产及其他系统产生的影响等，在充分的准备与模拟测试后再进行系统软件更新，从而减 小对生产的影响。企业自身应拥有维护MES软件的技术力量，对企业计算机技术人员的培训应自始至终，并注意保持维护人员的稳定性。
(3)人员是最重要、最复杂的因素。制造执行系统作为企业生产管理工具，优秀的人员可以使MES系统越来越完善，否则再好的MES系统也难以发挥作用。通过 培训可以提高人员素质、增强对MES系统的认识、提高应用制造执行系统MES的水平。企业人员的新老交替、生产条件变化引起制造执行系统的维护等都必须对使用人员进行相关的培训。