库存管理系统是生产计划和控制的基础。IN-WMS通过对仓库、货位等帐务管理以及出入库类型、出入库单据的管理，及时反映各种物资的仓储、流向情况，为生产管理和成本核算提供依据。通过库存分析，为管理及决策人员提供库存资金占用情况、物资积压情况、短缺、超储情况、ABC分类情况等不同的统计分析信息．通过对批号的跟踪，实现专批专管，保证质量跟踪的贯通。
关于库存管理，有些企业库存周期只有8天，但有些中国企业的库存周期长达51天，仅运输成本一项，占销售额的比例就高达20%-30%。对物流企业进行库存管理，其实就是降低其成本。物流企业作为供应链管理的一部分，不管是对库存进行管理还是要降低成本，都要在供应链的角度上来实行。由于我国物流业发展还处于起步到成熟的阶段，整体的物流规划能力的经验尚不足，并且物流信息化程度不高，许多物流管理还是以人工管理，直接导致了仓储和库存成本居高不下。
所谓的零库存，是指物料(包括原材料、半成品和产成品等)在采购、生产、销售、配送等一个或几个经营环节中，不以仓库存储的形式存在，而均是处于周转的状态。它并不是指以仓库储存形式的某种或某些物品的储存数量真正为零，而是通过实施特定的库存控制策略，实现库存量的最小化。MES系统是如何帮助企业实现零库存的呢？
1、无库存储备
无库存储备事实上是仍然保有储备，但不采用库存形式，以此达到零库存。有些国家将不易损失的铝这种战备物资做为隔音墙、路障等储备起来，以备万一，在仓库中不再保有库存就是一例。
2、协作分包方式
主要是制造企业的一种产业结构形式，这种形式可以以若干企业的柔性生产准时供应，使主企业的供应库存为零，同时主企业的集中销售库存使若干分包劳务及销售企业的销售库存为零。
3、委托营业仓库存储和保管货物
营业仓库是一种专业化、社会化程度比较高的仓库。委托这样的仓库或物流组织储存货物，从现象上看，就是把所有权属于用户的货物存放在专业化程度比较高的仓库中，由后者代理用户保管和发送货物，用户则按照一定的标准向受托方支付服务费。采用这种方式存放和储备货物，在一般情况下，用户自己不必再过多地储备物资，甚至不必再单独设立仓库从事货物的维护、保管等活动，在一定范围内便可以实现零库存和进行无库存式生产。
4、采用适时适量生产方式
适时适量生产方式，即JIT(Just In Time)生产方式，即“在需要的时候。按需要的量生产所需的产品”。这是在日本丰田公司生产方式的基础上发展起来的一种先进的管理模式，它是一种旨在消除一切无效劳动，实现企业资源优化配置，全面提高企业经济效益的管理模式。看板方式是JIT生产方式中的一种简单有效的方式，也称传票卡制度或卡片制度。采用看板方式，要求企业各工序之间或企业之间或生产企业与供应者之间采用固定格式的卡片为凭证，由下一环节根据自己的节奏，逆生产流程方向，向上一环节指定供应，其主要目的是在同步化供应链计划的协调下，使制造计划、采购计划、供应计划能够同步进行。在具体操作过程中，可以通过增减看板数量的方式来控制库存量。
5、按订单生产方式
在拉动(pull)生产方式下，企业只有在接到客户订单后才开始生产，企业的一切生产活动都是按订单来进行采购、制造、配送的，仓库不再是传统意义上的储存物资的仓库，而是物资流通过程中的一个“枢纽”，是物流作业中的一个站点。物是按订单信息要求而流动的，因此从根本上消除了呆滞物资，从而也就消灭了“库存”。
6、实行合理配送方式
一般来说，在没有缓冲存货情况下，生产和配送作业对送货时间不准更敏感。无论是生产资料，还是成品，物流配送在一定程度上影响其库存量。因此，通过建立完善的物流体系，实行合理的配送方式，企业及时地将按照订单生产出来的物品配送到用户手中，在此过程中通过物品的在途运输和流通加工，减少库存。企业可以通过采用标准的零库存供应运作模式和合理的配送制度，使物品在运输中实现储存，从而实现零库存。