实施MES系统需要按照信息化管理系统实施的要求来推进，主要环节有：明确MES系统实施范围、组建MES系统实施团队、明确MES系统需求、选择MES厂商、组织MES系统实施、MES系统上线。在这个过程中，MES系统实施的难点主要有以下几个方面：
MES系统实施范围难以明确
现在由于生产管理的信息化系统种类相当丰富，如ERP系统、生产管理传统、设备管理系统等，MES系统与很多系统在的功能职责上相互交叉重叠，那么MES系统实施范围如何确定，这是一个需要着重考虑的问题。
MES系统模块关系复杂
因为生产结构的复杂化和庞大的特征，MES系统必然也是一个结构复杂且庞大的生产信息管理系统，系统内部模块之间的逻辑与实施先后关系难以理清，所以在实施之前要仔细参照企业生产的结构，分条缕析之后，再来实施。
企业前期信息化建设中问题集中暴露
企业进行信息化建设的过程中，前期注重的是ERP系统，但随着ERP系统的深入应用，出现很多ERP系统无法实现的问题：信息及时反馈、质量管理、高级计划排程等，实施MES系统的目的就是解决这一系列的问题，因此ERP系统应用中的问题就全都暴露出来了，要解决所有的生产管理问题，对MES系统来说是一个巨大的挑战。
实现全方位生产管理难度大
MES系统即生产制造执行系统，其实施目的是实现全方位生产管理，而生产是整个企业的核心运营业务，而且生产的每条生产线、没到工序的个性化非常强，对车间、生产线、工序等的整体优化与整合是一个巨大的工程，所以MES系统要实现全方位生产管理难度大，往往会采取保守策略。
MES系统实施人员的知识构架限制
由于MES系统的实施与应用都是一个专业交叉很强的活动，所以MES系统实施人员主要有两类：IT人员和工控人员。但是这两类人员的知识构架存在很大区别：IT人员懂技术，却缺乏设备、控制等方面的知识，工控人员有缺乏IT技术的掌控，但市场上缺乏真两类整合型的人才，所以MES系统实施的难点就在于难以实现两者的结合，同时也缺乏合理的沟通机制，在MES系统的实施的实施中，对一些过程与知识的理解会出现偏差。
MES系统供应商选择困难
市场上虽然有众多的MES系统供应商的选择，但是每家供应商的软件产品都有自己关注重点，对行业的关注点不同，同时MES的能够、性能、实现的目标也会有所不同，所以如何选择一家适合自己企业需求的供应商是MES系统实施的难点中的一个。
面对这么多的MES系统实施的难点，企业就要谨慎行事，集合企业自身的生产经营特点、生产管理结构等，充分考虑企业需求和实际情况支撑，形成规范合理的、切合实际的MES系统需求，选择适合的MES系统，才能保证MES系统实施与应用成功突破。
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