1 HR软件在各性质企业中发展不均衡
HR软件是由西方国家引进的管理模式自然更容易被我国的外资企业所接受，而HR软件进入国企甚至是民企则存在一定难度。由于进入我国的外资企业多为国际知名企业，其母公司自身已经有一套较为健全的HR软件管理系统，所以其入驻中国的子公司无需耗费力气，直接引进母公司的系统即可以进行HR软件平台的使用。但是，与此相比，中国本土企业则没有从母公司直接引进现成系统的可能，而只能根据自身发展需要与HR软件软件的提供商进行合作，制定全新的HR软件系统，这就无形之中提高了本土企业应用HR软件系统的成本。也正是出于成本控制，许多本土企业目前还很难有能力引进HR软件系统，即使是有能力引进系统的大型国有企业，由于其之前对于HR软件系统应用的空白，就很难在短期内灵活运用HR软件系统，发挥系统的最大功效。目前。有些企业的HR软件系统就是一个摆设，而另一些企业虽然重视HR软件系统的实际运用，但是却不知如何下手，某些企业的HR在处理档案时，甚至出现先手动完成记录再被动的将数据输入系统的现象。这样一来，HR软件系统的简便、快捷的优越性也就根本无法得到体现。
2 HR软件软件不适应企业的需要
外企使用的HR软件软件多为母公司集体引用的软件，所以多为外国厂商开发的软件，这类软件的好处是已经有母公司及别国子公司进行过实际运用，其功能基本能够满足HR及其他部门的工作需求，但坏处就是这种软件都是被被动的转化为中国版本的，这样一来，系统中很多操作程序并不符合中国人的使用习惯，很多小的模块也根本没有用武之地。例如有些国外软件在进行员工信息录入时要求选择自己的种族和宗教信仰，这对于中国人来说就是没有切实意义的。
中国本土企业引入HR软件软件，同样出现了不少问题。中国的HR软件软件开发商发展起步较晚，真正快速发展也就是近几年才开始的，因此，中国开发商设计的软件无论是在技术上还是在其实际应用效果上都不甚理想。加上中国企业本来对这些软件就不了解，只能凭借开发商的业务人员的介绍才能了解到软件的用途，所以在购买时就比较盲目，进而导致购买的软件并不符洽企业的业务需要或者无法跟进企业的发展进行功能升级，使企业遭受了很大的损失。
3 软件的使用缺少员工支持
这一问题主要出现在本土化企业，尤其是拥有众多高龄职工的大型国有企业等。HR软件软件的操作虽然技术含量不高比较容易掌握，但是对于高龄的老职员来说，应用起来还是有一定困难的。由于老职员的电脑技能较差，又加上他们已经很习惯纸质化办公的形式，所以在贯彻HR软件软件的使用过程中，他们会产生抵触情绪，这就阻碍了HR软件在企业中的有效实施。要想解决这种问题，必须有上级领导做好动员，并且组织老员工参加技能培训，化解他们内心的抵触情绪，才能保证HR软件的贯彻落实。
HR软件的快速发展期才刚刚开始，还有很多问题亟待解决。对于HR软件，首要解决的是软件的问题，继而要解决的是人员的问题。软件开发商开发出适合中国企业使用的性价比高的软件，企业再对员工做好动员和培训，HR软件在企业中的真正价值就可以充分得到体现，当然，这也是一个循序渐进的过程，我们期待HR软件能为我国的人力资源管理带来更加高效的未来。
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