进销存软件和财务管理软件同为企业非常重视的管理软件，尽管在功能上存在交叉之处，但是二者还是有本质区别。一般来说，财务管理软件着力解决企业资金链相关的问题，进销存软件尽管也有关于资金流的功能模块设置，但是主要作用在于企业生产流和资金流的统一管理，进销存软件的复杂程度远远高于财务管理软件。
1、软件使用范围的区别
财务管理软件使用面相对较广，只要是采用信息化管理的企业，基本上都需要财务管理软件来提高财务的核算速度，减少财务错漏，提高企业的管理水平；而进销存软件一般应用在业务上伴随货品交易的企业中，通过进销存软件记录业务单据，可以对企业的采购状况、销售状况、仓库状况、财务状况等了如指掌，从而把企业的资金与货品同时管理起来。
2、软件功能上的区别
财务管理软件的功能相对比较集中，都是围绕着资金进行管理与统计，一般分为收支管理、月结统计、单据查找、报表分析等；进销存软件的功能比较多样化，有偏重于销售的客户管理、业务管理、收款管理，也有偏重于采购的供应商管理、成本管理、付款管理，还有偏重于库存的进货、存货、出货以及库存货品的调拨组装管理等。不同的企业对进销存有不同的使用需求，并且差别较大。
3、软件用途上的区别
财务管理软件的用途主要在于企业财务收支信息的记录，统计出企业的经营报表，通过财务数据了解企业的经营状况，财务软件的使用对于企业的帐户资金管理、业务收款管理、企业成本分析等都有重要作用；进销存软件一般要以财务软件为基础，同时需要具备货品管理的功能，对企业的进出货都实时管理到位，进销存软件的应用会让企业的资金和货品流动状况较清晰，对于客户的业务状况、供应商的采购状况、付款状况等都能清楚掌控。
最为典型的进销存软件乾元坤和进销存软件的功能设置，充分体现进销存软件的特质。乾元坤和进销存软件是集采购、库存、销售、核算、成本及基本资料管理等功能于一体的典型的信息数据应用系统，依托于专业的进销存软件开发，多重功能集成企业运营的进销存管理系统，在企业生产经营活动过程中，从物料的采购到生产资料的加工，以及产品的最终销售，进销存管理系统帮助企业实现物资的转化和生产的流动。