目前，由于进销存软件与仓库管理软件均将仓库管理作为重要的功能模块，因此不少人将二者混淆，在选购应用软件时出现偏差，以致给企业造成不必要的损失。实际上，可以说仓库管理软件时进销存软件的子集，二者是被包含与包含的关系。
企业在进行应用软件选购时，必须明确自身的需求，如需要软件提供库存管理功能、统计分析功能、财务管理功能等，然后再根据功能有针对性地进行软件选型。进销存软件与仓库管理软件在功能上，既有共同点又有区分。
进销存软件与仓库管理软件的共同点在于都将仓库管理视作软件不可分割的功能，仓库管理功能包括商品出入库管理、销售状况管理等。如乾元坤和进销存软件在仓库管理功能方面，设置了出入库查询、转库、调拨、库存盘点、报损报溢、库存报警及历史查询等模块。通过对仓库管理功能的设置，可以帮助企业实现统计效率的更高级化。
进销存软件与仓库管理软件的区别在于，仓库管理软件的重点是管理商品的出入库，尤其是库存管理，相对而言不关心财务账务。而进销存软件则是在仓库管理软件的功能基础上，拓展了财务功能，如费用管理、统计分析、财务报表等。如乾元坤和进销存软件的核心功能包括资料管理、采购管理、库存管理、账务管理、销售管理、统计分析、应付款管理、报表管理以及系统管理。
综上所述，可见进销存软件与仓库管理软件之间是包含与被包含的关系，仓库管理软件适用于小型生产企业，进销存软件则适用于如商贸批发型企业等多种中小企业。