计算机的广泛运用普及，推动了电子商务的兴起和长足发展。各行业开始尝试将行业特性跟电子商务相结合，走出一条阳关大道。众所周知，任何新鲜的尝试都是一个循序渐进的过程，现如今医药电商正面临着巨大挑战。
自2004年“互联网药品交易服务”开闸以来，我国的非处方药市场在发展过程中出现了各式各样的问题，今后处方药市场一旦放开，势必会有更多的难题应运而生。目前医药电商领域存在四大不足尚需不断修正完善。
首先，网上药店普遍存在违规销售处方药的情形。虽然处方药的网络销售禁令即将放开，但据有关媒体了解，即将放开的仅仅是一小部分处方药。如今，个别网上药店在以“完全不设限”来进行处方药的销售。
其次，药监部门的判断标准不够细致专业。判断标准分别是处方药不能有“购物车”和网上药店的进销存记录不能有处方药阁。上有政策下有对策，国内稍有实力和规模的医药电商为了规避上述两条限制，采取了“巧妙”的手法实现线上销售、线下配送。如此一来，网上药店违规销售处方药使消费者的用药安全难以得到保障，给消费者用药带来了一定的安全隐患。
再次，网上药店配送体系不完善。药品属于特殊的商品，药品的配送与普通产品不同，对温度、湿度等都有要求，否则会影响药品质量。但大多数药店委托快递发货，药品安全控制存在风险，一些昂贵药品甚至有“调包”可能，消费者对药品的需求又有及时性的特点，这两点都要求网上药店在销售药品后能及时安全地把药品送达到消费者手中。
然而目前网上药店大部分采取实体店送货与第三方物流相结合来进行药品的配送，而标准的药品配送中心需设置常温库、阴凉库、冷库、验收养护室，还需配备标准比色仪等专业监测设备及完善的监控和计算机网络信息系统，并且有严格的操作规程软件配合。当下我国具有药品配送资格的第三方物流并不多，企业自建药品配送物流中心成本又太高。网上药店的配送模式相对阻碍了医药电子商务的快速发展。
此外，消费者对网上购药的信任度较低。由于消费者自身不具备对网上药店真伪的辨别能力，网上药店还属于新生事物，老百姓对《规定》的知晓程度低，正规的网上药店也并未像淘宝网创立初期那样大规模宣传，造成非法网站、虚假药品信息时常蒙蔽消费者。
最后，网上药店配备的相关在线咨询药师数量远远不够。我国合法的网上药店主页上都设置有药师咨询（如果其没有这类服务，一般情况下这类网站属于非法药品网站)。由于网上药店缺乏一定的专业药师的正确指导，消费者在网上购买药品时会担心买到不对症的药品或质量差的药品，造成用药后的不良反应或药害事件。目前我国还缺乏相应的赔偿制度，也造成了消费者对网上购药的信任缺失。